En la Copa de la UEFA 2004-05, el Partizán llegó a la ronda de los dieciseisavos de final en la Copa de la UEFA, donde fue eliminado por el CSKA Moscú, club que se convertiría en el campeón de esa misma temporada. En la temporada 2008-09 el club revalidó su doblete de liga y copa conseguido en la temporada anterior 2007-08. El 21 de julio de 2009, el Partizán eliminó al Rhyl FC, campeón de Gales, tercera equipacion real madrid con un resultado de 8-0 y 12-0 en el global de la eliminatoria.