Negándose el equipo gijonés a ello, los sportinguistas se proclaman vencedores del primer Campeonato Regional de Asturias de 1.ª Categoría, camiseta del madrid sin llegar a disputarse ningún partido. Por su parte, en el campeonato doméstico concluyó en octava posición, a pesar de haber cosechado 60 puntos. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. La temporada siguiente, el Athletic eliminó al Dinamo Tbilisi en la ronda previa de la Liga de Campeones, sin embargo, no logró superar la fase de grupos, acabando en cuarta posición por detrás de Juventus, Galatasaray y Rosenborg.