En diciembre de 2011 pone fin a su paso por Colo Colo, regresando a su país para volver a vestir la camiseta del Club Nacional de Football, club el cual ya defendió en el 2002, con el que firmaría contrato por un año para jugar el Campeonato Uruguayo y la Copa Santander Libertadores. En su primer año como entrenador blanco el ídolo hispano-argentino llevó consiguió llevar al equipo a disputar cinco finales, pero lamentablemente no consiguió ganar ningún título.